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contrastive-用于对比数据集无监督机器学习的Python库

contrastive是一个Python库,专门用于在对比环境下对数据集进行无监督机器学习操作,如PCA。它关注一个数据集存在而另一个数据集不存在的模式,像生物和医学数据中的子组发现就可...

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项目标题:contrastive-用于在对比环境下对数据集进行无监督机器学习的Python库

项目简介

contrastive是一个Python库,用于在对比环境下对数据集进行无监督机器学习(例如PCA),主要关注存在于一个数据集而非另一个数据集中的模式(如集群或渐变),其应用包括发现生物和医学数据中的子组。该库在Python3中开发和测试(在Python2中应该也能工作)。

基本使用

这个库的基本功能如下。一般来说,有两个数据集,一个可标记为前景数据(foreground_data),在这个数据集中我们发现模式和方向;另一个数据集称为背景数据(background_data),该数据集不包含我们感兴趣发现的模式或方向。在某些情况下,两个数据集可能都包含感兴趣的信号,但前景数据集相对于背景数据集可能具有更丰富的模式。在这些分析中,有一个对比参数alpha,可视为超参数。示例代码如下:

from contrastive import CPCA
mdl = CPCA()
projected_data = mdl.fit_transform(foreground_data, background_data)

其中,foreground_data和background_data应为二维numpy数组,且第二个维度(表示特征数量)应相同。此外,还有一些其他功能,例如内置绘图功能,只需将plot参数设为True即可快速查看对比PCA的结果;在Jupyter笔记本中运行分析时,可轻松启动交互式GUI;还可以对一些参数如标签、组件数量、alpha值的选择、数据是否标准化、绘图颜色等进行自定义设置。

项目总结

contrastive库为在对比设置下进行无监督机器学习提供了方便的工具,在生物、医学等数据挖掘方面有潜在的应用价值。希望大家对这个项目积极留言讨论,分享使用经验或者提出改进建议等。

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数据统计

数据评估

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